现在,张开嘴大吸一口气多多策略,你会吸进多少生物的DNA?
看起来或许有点诡异,但这其实是“空气eDNA”技术的基础。这种全新的技术,可以捕捉空气中漂浮的微量DNA,通过DNA信息识别相应的物种——这往往能让我们发现肉眼不可察觉的奥秘。
如果你也好奇自己周围的空气中漂浮着什么生物的DNA,记得看到文章最末,我们正在招募公民科学家,共同进行空气eDNA的采样收集。
什么?空气里也有DNA?|Pixabay
真的能测出DNA吗?
地球上的生物,无论是行走在陆地、翱翔于天空还是畅游于水中,都会持续地向周围环境释放自身的DNA。这可能源于生物体皮肤细胞的脱落、呼吸、排泄,或是羽毛、毛发的掉落等。研究人员通过收集水、土壤等环境样品,通过分子生物学技术对环境样品中的DNA进行提取和分析,就能从这些DNA溯源到它们对应的物种——这种技术称为环境DNA(eDNA)技术。
空气eDNA技术是环境DNA技术的延伸。携带着生物遗传信息的DNA片段,会随着空气的流动而散布在大气之中。当我们采集空气样本时,实际上就是在收集这些漂浮于空气中的DNA。
空气DNA分析简要流程|作者供图
但这些DNA非常微量,我们真的能从中找到有用的生物信息吗?
为了验证这种技术是否可行,2020年,英国科学家在动物园进行了试验。
她们在动物园的20个地点安装了抽气泵和过滤器,让抽气泵运行30分钟。空气被吸入抽气泵,经过过滤器时,其中的eDNA会被截留在过滤器中的滤膜上;在实验室对滤膜进行处理,就能将DNA从其他杂质中分离出来。提取到的DNA往往量非常少,需要使用聚合酶链式反应(PCR)技术进行扩增;现在利用通用引物,可将属于同一个类群(比如维管植物、脊椎动物或真菌等)的多物种DNA同时扩增,快速获得丰富的信息。对扩增后的DNA产物进行测序,再将结果与已有的数据库比对,就能确定样本中存在哪些生物的DNA,从而识别出相应的物种。
英国研究者利用抽滤空气的方法收集动物园中的空气DNA|Clare et al., 2022, Current Biology
她们在动物园收集了72份空气样本,最终检测到了25种兽类和鸟类。这其中有17种是动物园里饲养的动物,它们的DNA信息能够漂浮到笼舍300米外;另外一些则是动物园附近的“居民”,例如刺猬和鹿。此外,她们还检测到了鸡、猪、牛、马的DNA信息,这些可能来自喂养给动物的食物。
我们在北大测出了犀牛
除了使用真空泵“主动吸收”空气,还有一种“被动采样”。空气中漂浮的颗粒物质虽小,但也有重力。研究人员会放置花粉采样器或涂有粘性材料(如甘油、凡士林、胶带)的载玻片,等待空气中的颗粒物质自己沉降到采样器或载玻片上。
不过,真空泵等装置需要持续的电源供给,被动式收集器的装置使用也较复杂,不易大规模布设,这些都制约了空气eDNA技术的广泛使用。我们对空气收集装置进行了改进,利用多种材质的滤膜、粘性剂等材料在空气中捕获eDNA。
测试多种材料收集空气eDNA的能力|Lin et al., 2025,Methods in Ecology and Evolution
我们在北京大学的校园进行了系列实验,把这些材料悬挂在户外,在春(3~4月)秋(9月)两季共约两周的时间里,就采集到485种植物和132种脊椎动物的eDNA!(研究论文昨天刚刚上线,感兴趣的朋友可以点击文末“阅读原文”获取文章。)
对于植物而言,很多时候花粉是重要的DNA来源。例如,随着银杏进入散粉期,其空气eDNA量逐天增长,这种定量特征可以帮助我们识别花粉过敏源。非花期的植物也能被广泛地检测出来,这些非花粉来源的DNA可能来源于叶片碎屑或其他植物成分。
通过在北大校园中收集空气eDNA,检测出的部分植物|植物图片来自网络
我们检测到的132种脊椎动物,包括33种哺乳动物、66种鸟类、4种两栖类及29种鱼类。大部分为常见物种,如喜鹊、灰喜鹊、斑鸠等,但也有些出乎意料的结果。比如,我们从空气eDNA中检测到了苍鹭,恰好校园里就有一只网红苍鹭多多策略,虽然不能确认一定就是它的DNA,但大概率是吧!鱼的DNA也能在空气中检测到,这可能是由风将水面的eDNA扬送到空中,食鱼的鸟类也有可能将鱼类的DNA带到陆上。
通过在北大校园中收集空气eDNA,检测出的部分动物|动物图片来自网络
另外,我们还检测到鸵鸟及犀牛!它们显然不是校园里的动物,我们怀疑这些DNA来自于北京动物园——有研究显示,空气中的eDNA可以远距离传输,某些植物的DNA可以飘到数十公里远。不过,这只是我们目前的猜测,想要确认这些动物DNA的具体来源,还需更多实验验证。
目前,我们对于空气eDNA的传播方式、输送距离、降解动态都了解有限,很多奥秘有待未来解析。但这两周的收集说明,我们的空气eDNA采样新方法简便、灵活、高效且经济实用,将会推动生物监测领域突破原有界限,实现更广泛时空尺度和更全面物种类型的生物信息采集。
发现肉眼难以察觉的奥秘
空气eDNA技术就像一种拼图游戏,每一份空气样本中都有海量的拼图碎片,我们从中拼凑出完整的生物信息图像——而这份图像往往能给我们提供肉眼难以察觉到的信息。例如,当鸟类经过某个地点时,人类的观测和影像监测设备不一定能记录到它,但我们却有可能通过它留在空气中的DNA信息,发现它的踪迹。空气eDNA还有助于我们获得更广大区域中的植物和真菌的多样性信息,为追踪物种分布、物候变化等提供海量数据。
这些优势,让空气eDNA技术为生物调查带来更多可能。
生物多样性监测
在全球生物多样性面临威胁的背景下,准确、高效地监测生物多样性至关重要,空气eDNA技术为这一领域带来了新的希望。
传统的生物多样性监测方法,如实地观察、相机陷阱和音频记录等,往往受到诸多限制,不仅耗费大量的人力、物力和时间,要求研究人员具备相当的形态学和分类学知识,而且难以发现一些隐秘或稀有物种。空气eDNA技术能够在不干扰生物的情况下,快速、全面地收集环境中的生物信息——即使是那些难以直接观察到的物种,或者栖息地人类难以到达的物种,比如穴居且行踪隐秘的蝙蝠等夜行性动物,我们也能通过在空气中留下的eDNA而检测到它们。
一位生态学家正准备在夜晚追踪蝙蝠;有了eDNA技术,科学家可以在不干扰生物的情况下,更方便快速地收集生物信息|Luis Echeverría / NPR
这有助于科学家及时了解生态系统的变化,评估生物多样性的健康状况,为保护决策提供有力支持。
濒危物种保护
对于濒危物种而言,及时准确地掌握它们的数量、分布和活动情况是保护工作的基础。以朱鹮监测为例,传统人工监测方法受限于人力物力,难以实现大范围、高频率监测。空气eDNA技术为濒危物种保护提供了一种全新的、非侵入性的监测手段。
陕西省的科研人员最近就将空气eDNA技术应用于朱鹮监测,通过采集分析空气样本,成功检测到了朱鹮的eDNA。通过这种方法,我们可以了解朱鹮飞去了哪儿、更喜欢在哪里活动,从而了解其栖息地的适宜性,为制定濒危物种的保护和管理策略提供依据。
飞行中的朱鹮|图虫创意
入侵物种预警
入侵物种对本地生态系统的破坏往往是灾难性的,因此早期预警至关重要。空气eDNA技术可以成为监测入侵物种的有力工具——通过在特定区域设置空气采样点,持续监测空气中的eDNA,一旦检测到外来入侵物种的eDNA信号,就能及时发出警报。
例如,在农田或自然保护区周边,通过实时监测空气eDNA,农民或保护区管理者可以在入侵害虫或植物刚刚出现时就察觉,从而采取相应措施,防止其大规模扩散,减少对生态和农业生产的损失。
每个人都能参与的采样
在北大校园里测试的采样方法简易快捷,让我们对大范围收集空气eDNA有了信心。
我们课题组近十几年来一直致力于eDNA生物多样性研究领域,通过研究水体、空气、土壤、沉积物和动物粪便中的eDNA,探索生物分布、群落组成、环境对生物的影响以及物种相互作用。
接下来,我们希望通过空气eDNA技术,广泛收集全国各地的信息。这可以发现更多关于动物、植物、真菌等多样性分布情况,了解我国生物多样性的具体组成和生命活动及其影响因素,譬如,植物多样性会受到哪些自然和人为活动的影响,真菌群落在城市和乡村的组成有何差异。另外,借由eDNA技术,我们还可以检测过敏源、病原,探究物候变化和生物时空动态。这些数据,未来将在野生动植物保护、传染病预警、环境管理等领域发挥更大作用,提供科学支撑。
我们希望在今年的8月~10月进行连续采样。不管你居住在哪里,只要是常住同一地区、能在采样周期内每周于同一地点完成采样,且家中有具备冷冻功能的冰箱可用于样品储存,就可以报名参加。
对于报名成功的朋友,我们将寄出采样所需的全部材料,并负责样品邮寄费用;分析完成后,可告知您生活环境中空气里包含的植物及真菌的DNA信息。
扫描二维码,填写问卷即可报名
我们真诚地期待有更多朋友加入,和我们共同探索全国各地的生物多样性。采样无需任何专业基础(参考下附教学图),在居住区周边即可进行,每周只需几分钟时间,就可以获得环境中的eDNA。
扫描上方二维码,填写问卷即可报名。了解更多信息,请点击这里:
作者:姚蒙
编辑:麦麦
题图来源:AI生成,北京大学校园里并没有犀牛和鸵鸟
Guokr
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本文来自果壳自然(ID:GuokrNature)
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